I Church of Misery sono una band formatasi a Tokyo nel 1995; lungo i primi anni di gavetta hanno pubblicato alcuni lavori per misconosciute etichette indipendenti (tra i quali il bootleg Vol 1 nel 1997, l'EP Taste the Pain nel 1998, e il live autoprodotto Live from the East lo stesso anno), fino ad approdare alla Man's Ruin Records con l'EP Murder Company (1998), incluso anche in uno split album con gli Iron Monkey.

Il vero debutto su full-length arriva, dopo un cambio di vocalist e drummer, con Master of Brutality (Southern Lord Records, 2001), un originale e trascinante approccio al panorama del rock "stoner" (oltre che un palese omaggio-parodia del più celebre Master of Reality blacksabbathiano).
Le coordinate musicali del nuovo quintetto (Yoshiaki Negishi alla voce, Tatsu Mikami al basso, Junji Narita alla batteria, Tomohiro Nishimura alla chitarra) sono orientate non tanto verso il tipico stoner psichedelico alla Kyuss, bensì verso il doom più sporco e vicino allo sludge, un po' come i contemporanei High on Fire; sorta di incrocio perfetto tra le due correnti grazie ad una palese componente southern-blues che suona incredibilmente molto più "americana" e genuina rispetto a quella di tanti colleghi statunitensi, i quattro giapponesi riprendono molto anche dagli Sleep, più che dai loro connazionali stoner Eternal Elysium (dai quali li divide una radicalizzazione sonora e stratificata delle tessiture chitarristiche e una voce che, lungi dal cercare aperture melodiche epiche, suona piuttosto motörheadiana) o Boris (questi ultimi ancora molto più legati al drone-doom degli Earth e allo sludge dei Melvins).
Anche se il disco riprende un'idea non troppo originale, ovvero quella di associare la maggior parte dei testi a noti serial killer (già utilizzata, ad esempio, dai Macabre), la proposta musicale si rivela probabilmente la più coinvolgente dell'anno nel genere, grazie a lunghe composizioni guidate da riff killer sporchi e hendrixiani, specialmente nelle ruggenti iniziali Killfornia (Ed Kemper), lunga 8 minuti e mezzo, e Ripping into Pieces (Peter Sutcliffe), più sincopata ma ugualmente sviluppata per altri 8 devastanti minuti.
Le aperture melodiche quasi psichedeliche della più breve Megalomania (Herbert Mullin) rimandano per la prima volta ai Kyuss di Josh Homme, e vengono seguite dall'azzeccato intermezzo atmosferico Green River, immerso in una tensione da thriller grazie al dialogo tra percussioni e chitarre effettate.
Il difetto principale dell'album è la produzione, ancora relativamente acerba; ma forse anche le due tracce in chiusura, a conti fatti, non riescono a raggiungere i livelli dei migliori momenti precedenti: Cities on Flame è difatti una cover della classica Cities on Flame with Rock and Roll dei Blue Öyster Cult (1972), a sua volta sin troppo simile alla poco precedente The Wizard dei Black Sabbath (1970), mentre la conclusiva title-track finisce per autodistruggersi volontariamente, ristagnando in un magma anche troppo paludoso, eccessivamente rallentato in stile doom e abbinato ad un lavoro di chitarra e voce aggressivo ma non abbastanza ispirato da giustificare una lunghezza di ben 11 minuti.
Nonostante tali pecche, l'esordio della band è senza dubbio positivo: con Master of Brutality lo stoner trova la sua prima voce asiatica davvero all'altezza dei corrispettivi americani, e, nonostante il "genere" relativamente statico, arriva a reinventarlo con uno stile straziato, acido e corrosivo, oltre che ancora abbastanza acerbo da lasciar anche sperare in un miglioramento futuro.

Tuttavia, il secondo album The Second Coming (Diwphalanx Records, 2004) non supera affatto il precedente: almeno metà delle tracce suona non solo come un cliché di genere, ma presenta anche delle strutture chitarristiche e vocali che rasentano un'estremizzazione caotica, abrasiva ma quasi dissonante, che a volte pare sfociare nell'amatorialità e nell'auto-parodia.
Il disco contiene però anche la maestosa I, Motherfucker (Ted Bundy), che diventa uno dei loro anthem, e la trascinante serie di giochi chitarristici di Filth Bitch Boogie (Aileen Wuornos), due composizioni che, assieme alla sempre frizzante performance batteristica di Narita, risollevano le sorti del tutto.
La principale novità è costituita dall'uscita del vocalist Negishi, sostituito dal nuovo (ma non all'altezza) membro Hideki Fukasawa a voce e synth, oltre che dal nuovo chitarrista Takenori Hoshi.

Nel 2005, la band compie il suo primo tour fuori dal Giappone, e nel 2006 sostituisce nuovamente il chitarrista, stavolta con Tom Sutton.

Vol.1 (Leafhound Records, 2007) è la ristampa del loro bootleg del 1997, ma non contiene nulla di esplosivo; ad ogni modo, testimonia quanto le radici originarie della band affondino nel doom più che in qualsiasi altro filone.

Dopo l'entrata in line-up dell'incendiario chitarrista Tom Sutton, ma soprattutto dopo il ritorno nella band del vocalist Yoshiaki Negishi (lo stesso di Master of Brutality), il terzo full-legth dei giapponesi Church of Misery, dal titolo Houses of the Unholy (Rise Above Records, 2009) non poteva che rivelarsi uno dei loro lavori più riusciti, coinvolgenti e personali.
Nonostante il loro rifiuto dell'etichetta "stoner", preferendo quella "doom", l'album è ancora una volta lontano dai territori del doom tradizionale, dal quale non riprende più di qualche riff apocalittico (che si sente immediatamente nelle scosse telluriche in apertura d'album), e semmai si prodiga ad aggiornare ai tempi odierni gli elementi più trascinanti dei primi Black Sabbath, Led Zeppelin (parodiati esplicitamente nel titolo del disco) e Jimi Hendrix, sposandoli sì ad un'aggressività vocale e batteristica derivante dallo sludge, ma senza mai perdere d'occhio il basilare concetto di groove. In quest'operazione, il quartetto si dimostra quindi assolutamente molto più vicino a band come Sleep e High on Fire piuttosto che ad act di stampo più hardcore come gli Iron Monkey o più doom come gli Electric Wizard.
Esempio perfetto di questo approccio è già l'opener El Padrino (Adolfo De Jesus Constanzo), che dopo un'intro thriller e qualche scossone doom esplode invece in un riff pienamente blueseggiante, citando Iommi come Hendrix, al quale si accompagnano una sezione ritmica fragorosa e la voce felicemente sporca e cavernosa di Negishi; il groove prosegue senza sosta, e, grazie anche ad una serie di esplosivi giochi chitarristici nella seconda metà, riesce a raggiungere agilmente i 9 minuti di durata.
La breve Shotgun Boogie (James Oliver Huberty) si scatena su pattern ritmici più veloci e sincopati, raggiungendo una cavalcata punk'n'roll nella seconda metà, ma ancor meglio riesce a fare The Gray Man (Albert Fish), grazie ad un'altra serie di riff killer e acuti chitarristici sui quali la voce di Negishi tocca forse l'apice di gorgheggio "melodico", prima di una parentesi inquieta che introduce l'esplosiva outro (con due assoli e ritmiche alla Monster Magnet).
Gli 8 minuti di Blood Sucking Freak (Richard Trenton Chase) rallentano notevolmente i tempi e danno più spazio alle torrenziali escursioni chitarristiche di Sutton, prima di un cambio di ritmo più rapido verso i due terzi.
Gli sbotti sgolati di Negishi aprono Master Heartache, ma si tratta di un episodio sottotono prima del gran finale, rappresentato dai sanguigni 7 minuti di Born to Raise Hell (Richard Speck), con riff alla High on Fire, voce straziata, chorus infernale, galoppate southern-blues sincopate, parentesi rallentata quasi psichedelica in stile Kyuss, assolo scoppiettante, e dagli 8 minuti della conclusiva Badlands (Charles Starkweather & Caril Fugate), forse l'episodio più catchy in assoluto, grazie ad un riff portante maestoso e un chorus epico.
Sebbene il gioco delle liriche legate a celebri serial killer sia ormai abusato e inizi a risultare ripetitivo, l'album riesce però nell'impresa di suonare meglio rispetto a Master of Brutality grazie ad una produzione più accorta, e, anche se forse quel full-length è destinato a rimanere il simbolo della band, Houses of the Unholy, sicuramente superiore all'acerbo Vol. 1 e al sottotono The Second Coming, gli si può in realtà affiancare tranquillamente come il loro miglior risultato ad oggi anche in termini di songwriting e coinvolgimento.

Live at Roadburn 2009, pubblicato nel febbraio 2010, è un buon album live.